Diberlakukannya Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 yang diamandemen menjadi UU Nomor 32 tahun 2004 sebagaimana telah dirubah menjadi Undang-Undang Nomor 8 tahun 2005 dan yang terakhir dirubah dengan Undang-Undang Nomor 12 tahun 2008 tentang Pemerintahan Daerah serta Undang-undang nomor 4 tahun 2007 tentang Pembentukan Kota Kotamobagu, maka penyelenggaraan desentralisasi dengan otonomi luas diKota Kotamobagu dimulai, Hakekat Undang-undang tersebut adalah pelimpahan wewenang dari pusat ke daerah termasuk kewenangan dalam penyelenggaraan pelayanan kesehatan. Penerapan otonomi daerah menuntut terciptanya good governance pada lembaga pemerintah, tak terkecuali lembaga Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Kota Kotamobagu.

Terselenggaranya good governance merupakan prasyarat bagi setiap pemerintahan untuk mewujudkan aspirasi masyarakat dan mencapai tujuan serta cita-cita bangsa bernegara. Dalam rangka itu diperlukan pengembangan dan penerapan sistem pertanggung jawaban yang tepat, jelas, terukur dan legimate sehingga penyelenggaraan pemerintahan dan pembangunan dapat berlangsung secara berdayaguna, berhasil guna, bersih dan bertanggung jawab serta bebas dari korupsi, kolusi, dan nepotisme.

Dasar hukum Organisasi Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa diatur dengan Peraturan Daerah Nomor 8 Tahun 2016 tentang pembentukan dan susunan perangkat daerah Kota Kotamobagu dan Peraturan Walikota Kotamobagu Nomor 53 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi,Organisasi, Tugaas dan Fungsi serta Tata Kerja Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Tipe C